El cernícalo primilla (Falco naumanni) es un pequeño halcón y como tal está integrado en la familia Falconidae. Tradicionalmente los Falconidae estaban a su vez integrados en el orden Accipitriformes junto a águilas, gavilanes, milanos, busardos, aguiluchos o buitres (Accipitridae), el águila pescadora (Pandionidae), cóndores y zopilotes (Cathartidae) y el secretario (Sagittariidae); pero en el Congreso Ornitológico Internacional de 2011 se los separó en su propio orden, Falconiformes, manteniendo al resto de familias en Accipitriformes y dejando de esta manera las rapaces diurnas separados en dos órdenes distintos.
Estos cambios se produjeron principalmente a raíz de nuevas investigaciones genéticas (Hackett 2008) cuyos resultados alejaban ambos grupos de aves, mientras que los de un nuevo estudio (Pyle 2013) sobre la forma de mudar las plumas de las alas en halcones y loros -que según parece es bidireccional, es decir, que se mudan en ambos sentidos desde el centro, cosa que no ocurre en la mayoría del resto de familias de aves- los acercaba a estos últimos.
De esta manera, aunque aparentemente los halcones se parecen más a águilas y gavilanes se trata de un caso de convergencia evolutiva, pues al parecer los Accipitriformes son más cercanos genéticamente a carracas, martines pescadores y abejarucos (Coraciiformes), mientras que nuestro cernícalo primilla está más íntimamente emparentado con loros, cacatúas o periquitos (Psittaciformes). Lo que no sabemos, al menos todavía, es si los loros eran halcones que empezaron a comer frutas y semillas o si los halcones fueron loros que empezaron a comer carne…
